K Internet zdrojů pro molekulární modelování


Original: http://employees.csbsju.edu/hjakubowski/classes/ch331public/molmd1.html

Internet má neuvěřitelné množství prostředků, které by mohly být užitečné pro vás v této třídě. Jedním z takových prostředků je Národní institut zdraví. Můžete se dostat do tohoto zdroje různými způsoby prostřednictvím Netscape. Z Netscape, klikněte na Net Search v dolní liště v horní části okna. Přejděte dolů na stránku a klikněte na HOME PAGE Lycos: Lov www informace. Zadejte NIH a budete mít více “hity”, které nejvíce odpovídají NIH.Click na dalších deset hitů vybrat VÍTEJTE NA NIH. Klikejte, až se dostanete na domovskou stránku NIH. Klikněte na vědeckých zdrojů, pak Molekulární modelování Úvod stránky.zde na znalostech a OnRamp získat neuvěřitelné množství užitečných informací. Mají nedávno odstranil jeden z nejlepších příběhových popisů molekulové mechaniky a dynamiky jsem našel, ale doufám, že to brzy obnovit.

Podle poznatků najdete odkazy na takových tématech, jako jsou:
a. NIH Průvodce molekulární modelování
b. Dokovací tutorial
c. organické chemie zdroje
d. Molekulární modelování
e. molekulární grafika
f. Quanta Tutorial I a II.


Přístup k souborům struktury proteinů

V tabulce na následující straně zobrazuje seznam souborů, které obsahují souřadnice struktury proteinů. Ty byly stanoveny rentgenovou krystalografii a jsou uloženy v Protein Data Bank Brookhaven National Labs. Tyto soubory jsou k dispozici jen pro čtení souborů v adresáři / usr / lidé / chemické / studenti / bílkoviny. Budou vhodné k použití v prvních dvou odrážkami aplikace v horní části tohoto dokumentu. Nicméně, poté, co jste používali tyto soubory Quanta / Charmm, budete vyzváni k uložení souboru. Doporučuji vám, abyste si tyto soubory protein, pokud je nepotřebují, protože se prostě zaplní místo na disku. Vždy se můžete dostat do těchto proteinů souborů kdykoliv. Můžete získat přístup k jakémukoliv PDB struktur proteinů přes internet. Nejjednodušší způsob je jít na CH331 domovskou stránku. Kliknutím na průvodce po užitečných internetových zdrojů pro – hlavní kurs a pak v molekulární modelování oddílu, vyberte: Stahovatelný obsah bílkovin a nukleových kyselin konstrukce pro použití s ​​Quanta / Charmm od-Brookhaven BANK NATION DATA.
Kdysi tam, přidejte umístění do svého seznamu záložek. Vyberte téměř fulltextové vyhledávání ….. Poté budete vyzváni k zadání názvu proteinu jako klíčové slovo. Například, zadejte trypsinem, a celý seznam různých souborů PDB trypsinu struktury se zobrazí. Klikněte na ten, který chcete, a budete vyzváni s možností výběru ze tří souborů:

  • file.biblio stručné shrnutí bílkovin souboru
  • file.full – obsahuje souřadnice pro protein
  • file.gif – zobrazuje rychlý strukturu proteinu.
  • Pokud chcete, uložte soubor filename.full jej do svého domovského adresáře jako výzva. Nemůžete použít tyto soubory přímo v Quanta / Charmm. Soubory PDB mají pouze souřadnic atomů, a nemají konektivitu mezi atomy. Quanta / Charmm můžete přečíst souřadnice, ale musí vytvářet
    konektivitou v samostatném kroku. U souborů, které si přinášejí z Internetu, musíte použít
    Soubor
    Import
    příkazy, a nikoli Soubor, Otevřít, příkazy. Program se vás zeptat na několik otázek, než je soubor uložen. Odpověď ano na všechny otázky. Po výzvě název souboru, použijte 3 Číslice / písmeno kód PDB souboru, společně s výběrem identifikátorů pro název souboru. Quanta se automaticky připojí jako příponu. Lékaři bez hranic na název souboru, kde Lékaři bez hranic je zkratka pro molekulární simulace souboru. Můžete použít všechny soubory, které jsem při zakládání účtu s názvem CHEM331PROTEINS. To je pouze pro čtení účet, ze
    které můžete zkopírovat do svého vlastního adresáře.

    Důležitý soubor nových pokynů pro stahování PDB soubor na disk m:.:

    Z PC propojeným:

    Přejít na Protein Data Bank a najít soubor. Pak zvolte stažení / zobrazení souborů z menu na levé straně. Pak vyberte z Zobrazení struktury souboru, PDB formát, kompletní se souřadnicemi a text. Pdb soubor se zobrazí jako textový soubor. Zvýrazněte celý soubor s myší, zkopírovat jej zadáním ctrl C a vložte jej (Ctrl V) do programu Poznámkový blok (otevřeno Gong síťové programy, aplikace, systémy Windows příslušenství, Poznámkový blok.

    Z SGI:

    Přejít na Protein Data Bank, vyberte soubor. Pak zvolte stažení / zobrazení souborů z menu na levé straně. Pak vyberte ze Stáhněte Struktura souboru, PDB formátu, bez komprese. Pak napište tento soubor do vašeho PC účet tím, že jde do aplikace, Media Mail, Napsat novou zprávu, na kterou musíte zvolit Připojit a vyberte soubor PDB pro upevnění před odesláním. Uložte soubor na m: disk jako soubor PDB. To je vše, tam je to!

    Přímá cesta:

    Lepší a přímější metoda je jednoduše zmapovat UNIX souborů do PC. Přejít na IT stránku s informacemi:
    Windows na Unix Připojení

    Z SGI:

    Staré návody Pokud máte potíže:

    Postupujte podle výše uvedených pokynů a uložte jej na Unix účtu. Další, co musíte udělat několik dalších věcí.

    V modrém Unix shellu, zadejte následující příkaz na příkazovém řádku: chmod a + r xxx.pdb
    kde xxx.pdb je název vašeho PDB souboru (tj. změnit xxx na cokoliv první část svého názvu souboru). To vám dá správná oprávnění k souboru.
    Další otevřené Media Mail. Z horní liště zvolte skládat nové. Nové okno vyskočí. Zadejte svou e-mailovou adresu do pole Komu. Dále postupujte podle pokynů připojit soubor. Budete muset kliknout na soubor, který chcete připojit, a potom klepněte na tlačítko připojit a potom zavřete. Textový soubor se zobrazí ikona v okně přílohy. Poté odešlete zprávu. Jdi do svého PC mail a otevřete soubor. PDB se zobrazí jako textový soubor. Vyberte si z horního menu, Soubor, Uložit jako, a postupujte podle pokynů uložit do vašeho m: pohon. Uložte jej jako soubor TXT., Ne. RTFfile. Poté přejděte do Průzkumníka Windows a změnit příponu na. Pdb z. Txt.

    NOVINKA 4/28/99!

    Protein Data Bank – zdroj informací o enzym

    Protein Data Bank se právě přestěhovala do nového areálu hotelu (klikněte na hypertextu). Kdysi tam, zvolte Hledat a zadejte řetězec popisující vaše makromolekula, jak je popsáno pod řetězec pole. Po výsledek vyhledávání vrátit, klikněte na červený Prozkoumat ikonu vpravo od názvu souboru. Souhrnné informace Zobrazí se list, s řadou možností, vlevo:

    Zobrazit Struktura: Bude vám umožní interaktivně zobrazit molekulu Pokud váš prohlížeč umí číst VRML – virtuální relaity značkovací jazyk. Jedná se o plug-in pro Netscape

    Ke stažení / zobrazení souborů: Umožňuje stahovat soubory PDB

    Strukturální Sousedé: Dává výsledek těchto analýz:

    CATH: Class, architektura, topologie a homologní nadčeleď – hierarchická
    klasifikace struktur proteinů domény;
    CE: Kombinační rozšíření optimální cesty, výzkum Collaboratory pro strukturální rysy bioinformatika (RCSB): Kompletní PNR a reprezentativní stavba srovnání, struktura, zarovnání, struktura superpozice nástroj
    FSSP: Složte klasifikace na základě struktury, struktury zarovnání proteinů, Evropský institut bioinformatiky (EBI) Vlastnosti: Kompletní PNR, rozkládací strom, doména slovník, sekvenční sousedé, struktura superpozice
    SCOP: Strukturální klasifikace proteinů, MRC laboratoře molekulární biologie a Centrum pro proteinového inženýrství. Vlastnosti: Augmented manuální klasifikace, třída, fold, nadčeleď a rodinné klasifikace
    VAST: Vector Alignment Search Tool, Národní centrum pro biotechnologické informace (NCBI) Vlastnosti: Kompletní PNR a reprezentativní stavba srovnání, structurealignments, struktura superpozice nástroj

    Geometrie: Zobrazuje tabulku dihedral úhlů, včetně průměrné Phi, psi úhly spolu s minimální a maximální úhly.

    Sekvence Detail: Dejte sekvenci aminokyselin a další informace

    Pomocí prohlížeče, vraťte se na okně výsledků hledání. Přejít na Vyberte si z followng možností, přejděte dolů v seznamu a vyberte možnost Vytvořit Tabelární přehled. Z následující stránce vyberte jednu z následujících možností:

  • Primární citací základní bibliografické citace
  • Struktura identifikátor, identifikátory a popisovač
  • Sekvence strand ID, sekvence, a pramen délka
  • Sekvence nukleové kyseliny-strand ID, sekvence, a vlákno délka nukleové kyseliny jen
  • Protein Sequence strand ID, sekvence, a pramen délka proteinových vláken pouze
  • Experimentální technika-deskriptor a experimentální techniky